В 2011 году Александр Молотков приступил к работе в столичном Департаменте образования и науки. Он занимался вопросами разработки и комплексного сопровождения госпрограммы «Столичное образование». Кроме того, в его ведении были вопросы развития государственно-общественного управления в образовании и повышения уровня финансовой грамотности граждан. В апреле 2017 года Александр Молотков был назначен заместителем Исаака Калины, а 23 июля текущего года принял его полномочия на посту главы Департамента.
Выступая на четверговом селекторном совещании столичного образовательного ведомства, Александр Молотков заявил о необходимости дальнейшего развития московской системы образования. Он отметил факт того, что выдающиеся успехи местных школ признаны и в РФ, и за рубежом, но почивать на лаврах нельзя. От развития столичной системы образования зависит будущее учащихся московских школ, — заявил новый руководитель Департамента образования и науки.
